1.1 Vydané faktury
Vydanou fakturu může uživatel zadat přímo, nebo může vzniknout automaticky (z výdejky, ze zakázky, z evidence a prodeje aut nebo stornem). Každá automaticky vzniklá vydaná faktura mohla být nahrána i přímo se stejným výsledkem.
Zaknihováním vydané faktury je obvykle určeno, že faktura byla odeslána (předána) obchodnímu partnerovi. Standardní tiskové formuláře vydaných faktur jsou nastaveny tak, že v záhlaví nezaknihovaných faktur je místo textu „Daňový doklad“ text „Ukázka faktury“ – tím je uživatel donucen dokončené faktury knihovat.
Zaúčtovat fakturu je nejvhodnější co nejdříve po zaknihování.
1.1.1 Nahrání a editace vydané faktury
Vydaná faktura má hlavičku a řádky. Hlavička obsahuje základní identifikační údaje, řídící vlastnosti faktury a relevantní data, řádky pak veškeré částky a jim příslušné upřesňující účetní a daňové údaje.
1.1.1.1 Hlavička vydané faktury
Novou fakturu
v manuálním režimu nahrajeme volbou Fakturace->Vydané faktury->Nová
z menu nebo tlačítkem 
(CTRL-N) z formuláře faktury
případně jako kopie tlačítkem 
(F9).
Fakturu uloženou v databázi otevřeme v editačním režimu poklepáním na ní v seznamu faktur.
Před prvním uložením do databáze musíme správně zadat prefix faktury a rok do kterého patří. Tyto údaje spolu s číslem faktury po uložení již nelze měnit.
Prefix faktury umožňuje souběžně vést v jednom roce souběžně více číselných řad. Prefixy jsou nadefinovány v registru prefixů VF přístupném přes menu (Fakturace->Ostatní) nebo přes F2 na poli prefix. Nemají žádný speciální vztah ani k účetnictví, ani k DPH, partnerům, měnám, platebním podmínkám – s jedinou, zato ale významnou výjimkou. Zálohové faktury musí být nahrávány v samostatném prefixu označeným Zálohy=A.
Naopak v tomto prefixu nelze nahrávat ostatní typy vydaných faktur. Více k zálohovým fakturám uvedeme v samostatné kapitole.
V registru prefixů VF je možno ještě upřesnit způsob vzniku párovacího čísla z identifikace faktury.
Číslo faktury program přiřadí automaticky při prvním uložení faktury do databáze jako nejvyšší číslo v rámci roku a prefixu plus 1. Je možno je rovněž zadat přímo, program přitom nepřipustí uložení duplicitního čísla faktury.
Hlavička faktury obsahuje čtyři data – datum vystavení, uskutečnění zdanitelného plnění, účetního případu a splatnosti. Datum splatnosti má specifický význam. Datum účetního případu je nastaveno automaticky jako datum uskutečnění zdanitelného plnění, ale umožňuje i samostatnou editaci, ta ale neovlivňuje ostatní data. Datum účetního případu automaticky nastaví rok do kterého je faktura zařazena. Toto datum je rozhodující jak pro zařazení faktury do účetnictví, tak pro evidenci DPH.
Párovací číslo slouží při tisku jako variabilní symbol, dále pak slouží pro saldokontní sledování úhrady. Je nastaveno automaticky z identifikace faktury. K tomu je použita maska, která je nastavena globálně v parametrech programu, nebo upřesněna v registru prefixů. Aplikace umožňuje i samostatnou editaci párovacího čísla. Prostřednictvím párovacího čísla můžeme k sobě spárovat např. fakturu a její dobropis – při automatickém vystavení storna to program udělá automaticky.
Způsob úhrady je textový údaj, který nemá dále žádnou účetní ani saldokontní relevanci.
Partner je vázán na registr partnerů a na základě něj program defaultně nastavuje fakturační adresu, osobu, způsob úhrady a splatnost, které je ale možno měnit. Naopak IČO, DIČ a název partnera nelze měnit jinak než prostřednictvím registru partnerů. Aktuální DIČ program uloží do hlavičky faktury a to tak zůstane zachováno i při jeho eventuální změně v registru, název uložen není a z adresy pouze její kód (stejně jako aktuální kód adresy sídla). Pokud tedy změníme v registru tyto údaje (název a adresy s daným kódem, změní se tyto údaje i při opakovaném tisku faktury).
Měna a kurz specifikují v jaké měně jsou nahrávány částky a jakým kurzem jsou přepočítávány na koruny. Kurz je nabídnut jako poslední nahraný kurz dané měny vztaženo k datu účetního případu.
Daňový režim určuje základní vztah faktury k DPH. Definuje možné sazby DPH u dané faktury a daňové kategorie pro příslušné základy a daně. Ty pak určují, kam spadají dané částky na Přiznání k DPH.
Druh faktury určuje základní předpis pro zaúčtování faktury. Určuje saldokontní účet, který je použit na straně MD a dále účty pro základy, daně, zálohu a zaokrouhlení na straně DAL. Pokud je ale v registru druhů faktur vyplněn údaj sortimentní účtování má větší prioritu na straně MD účet zadaný v registru partnerů a na straně DAL účty zadané přímo na řádcích. Na straně DAL může být výsledný účet dán kombinací účtů na řádku a v registru. Například pokud je v registru 604000 a na řádku ____12, výsledný účet bude 604012.
Středisko, kalkulační jednice jakož i sleva na hlavičce slouží vlastně jako default pro řádky, kde můžeme tyto údaje měnit.
Bankovní spojení dodavatele je vázáno na registr vlastních účtů a defaultně nabízí účet dle globálního parametru programu.
Ostatní údaje na hlavičce – poznámka, objednávka a příjemce nemají pro program žádný specifický význam.
1.1.1.2 Řádky vydané faktury
Ve spodní
části editačního formuláře faktury je tabulka s řádky faktury. Počet řádek
není nijak omezen. Nový řádek přidáme tlačítkem 
(CTRL+), nebo kopií aktuálního řádku
tlačítkem 
(F6).
Existující řádek zrušíme tlačítkem 
(CTRL-).
Pořadí řádků je určeno posledním sloupcem tabulky. Program je udržuje při přidávání automaticky, ale pro účely přehazování řádků si tento údaj může uživatel měnit.
Existuje několik typů řádků faktury které uživatel vybírá prostřednictvím comba. Řádek typu text neumožní zadat nic jiného než text a slouží pro formátování tisku. Řádky typu Položka, Záloha a Zaokrouhlení se liší především tím, jaký účet defaultně nabízejí na řádku. Záloha pak navíc slouží pro identifikaci zálohy při tisku. Řádky typu Ceníkový a Práce slouží k propojení sloupce Kód položky na příslušný registr. Řádek typu Mezisoučet rovněž slouží při řízení tisku – u tohoto řádku je při tisku automaticky vygenerován mezisoučet. Řádek typu Neviditelný je speciální textový řádek, jehož tisk je potlačen.
Sloupce Počet MJ, Cena MJ, Sleva v % a Cena celkem je možno editovat pouze u řádků typu Položka, Ceník, Práce, Záloha a Zaokrouhlení. Ceny jsou vesměs v měně uvedené na hlavičce. Při manuálním nahrávání faktury jde vždy o ceny bez DPH. Dostupné sazby DPH na řádcích jsou nabízeny podle použitého daňového režimu.
Středisko, kalkulační jednice a účet na řádku určují zaúčtování daného řádku na straně DAL. Jsou defaultně určeny údaji z hlavičky, ale je možno je měnit u každého řádku.
Při ukládání faktury program vygeneruje automaticky řádek se zaokrouhlením. Použije přitom globální parametr programu. Buď je DPH spočteno na haléře a žádný řádek se zaokrouhlením program negeneruje, nebo jsou základy daní na řádcích zaokrouhleny na padesátihaléře a DPH je rovněž zaokrouhleno na padesátihaléře.
Dále program zaktualizuje při ukládání celkové součty v hlavičce faktury a údaj kolik zbývá nezaplaceno a konečně vygeneruje automaticky rozúčtování faktury. Na straně MD dá jednu větu s údaji dle hlavičky, na stranu DAL seskupí řádky se stejným účtem, střediskem, kalkulační jednicí a sazbou DPH a přidá řádek/řádky účtující o DPH.
1.1.2 Přijaté zálohy
Zálohové faktury a jejich úhrady představují specifický druh dokladu. V souladu s Českými účetními standardy nevstupují do účetnictví (účtuje se až o přijatých zálohách). Z obchodního pohledu k nim přistupujeme stejně jako jiným fakturám, tedy mimo jiné sledujeme jejich úhradu. Konečně pak, po úhradě, jsou na základě zákona o DPH předepsány specifické postupy při odvodu DPH.
1.1.2.1 Zálohová faktura
Pro správnou evidenci zálohových faktur je potřeba vyhradit samostatný(é) prefix(y). Tyto prefixy je potřeba v registru prefixů vydaných faktur označit ve sloupci Zálohy hodnotou A. Tím je zajištěno, že tyto faktury nevstoupí do účetnictví (při pokusu o zaúčtování program hlásí Zálohovou fakturu nelze zaúčtovat). Přesto rozúčtování takové faktury vznikne a to z toho důvodu, aby byla sledována její úhrada. V rozúčtování je částka v měně nastavena dle faktury, ale částka v korunách je nulová (i v případě, že faktura je v korunách). To proto, aby do účetnictví faktura nevstupovala i v případě, že bychom tiskli report včetně nezaúčtovaných dokladů.
Druh faktury pro zálohové vydané faktury je nutné zvolit tak, aby byla automaticky sledována její úhrada. K tomu je třeba účet pro stranu MD zvolit tak, aby byl rovný účtu na který zaúčtujeme platbu – půjde tedy zřejmě o účet 324. Tento účet musí být v účtové osnově označen jako účet pro odběratelské zálohy. Pro stranu DAL, vzhledem k tomu že doklad nikdy nevstoupí do účetnictví, můžeme použít libovolné účty – kromě těch, které jsou označeny jako účet pro odběratelské zálohy (ty by fakturu označily jako zaplacenou).
Zálohovou fakturu je možno vystavit bez daně nebo použít daňový režim definující sazby DPH a ty pak použít na řádcích. Taková faktura obsahuje DPH. Je tedy potřeba zajistit tisk tak, aby doklad nebyl chápán jako daňový doklad. Standardní tiskový formulář takový doklad označuje jako Proforma faktura a nezobrazuje v daňovém rozdělovníku základy DPH.
1.1.2.2 Daňový doklad na základě přijaté platby
Přijatou platbu zálohy zaúčtujeme v pokladně nebo bance na straně DAL na účet pro příjem odběratelské zálohy (zřejmě 324) – účet stejný jako účet na straně MD zálohové faktury. Tím bude zálohová faktura označena jako zaplacená.
V minulém odstavci uvedený pokladní nebo bankovní doklad nahrajeme bez DPH ve výši přijaté zálohy. Daňový doklad na základě přijaté platby vystavíme nejjednodušeji kliknutím na tlačítko Daňový doklad na nástrojové liště pokladního nebo bankovního dokladu při označení příslušného řádku tohoto dokladu. Juno zkontroluje, jestli je účet, na který je označený řádek účtován pomocí druhu pokladní nebo bankovní operace, označen jako účet pro odběratelské zálohy.
Vlastnosti daňového dokladu v následně zobrazeném dialogovém okně.
Není podstatné, jestli volíme pro daňové doklady samostatný prefix, nebo jestli je řadíme do číselné řady používané i pro standardní daňové doklady. Nesmíme ovšem použít prefix vyhrazený pro zálohové faktury, protože doklady evidované v tomto prefixu nejsou účtované. Druh faktury připravíme tak, aby zaúčtování odpovídalo Sdělení MFČR ze dne 23.04.2004. Na straně MD i na straně DAL je použit účet 324, pouze DPH na straně DAL je zaúčtována na účet pro DPH (tedy 343). V důsledku zvoleného prefixu a druhu faktury je daňový doklad automaticky označen jako zaplacený.
Abychom se vyhnuli zaokrouhlovacím problémům, je vhodné volbu Výpočet DPH shora nebo zdola označit stejně jaká bude zvolena při vystavování konečné faktury.
Párovací číslo daňového dokladu je nastaveno stejné, jako je párovací číslo zálohové faktury.
Pokud zálohová faktura neexistuje, postup nahrání platby zálohy a vystavení daňového dokladu je stejný – kromě toho, že daňový doklad má vlastní párovací číslo.
1.1.2.3 Vyúčtování zálohy
Vyúčtování zálohy nahrajeme na konečné faktuře na samostatném řádku. Tento řádek bude zaúčtován na stejný účet jaký byl použit při příjmu zálohy v pokladně nebo bance, tedy zřejmě 324. Toho dosáhneme volbou typu řádku Záloha a uvedení příslušného účtu v druhu faktury v sloupci Záloha, nebo přímým uvedením tohoto účtu na řádku faktury.
Pokud k záloze existuje daňový doklad na základě přijaté platby odečítáme zálohu tzv. daňově, tj. uvedeme na řádku sazbu DPH a pokud je faktura nahrávána zdola uvedeme základ daně.
Na řádku se zálohou jsou údaje Párovací číslo zál. VF a Partner zálohy, ve kterých uvedeme párovací číslo a partnera dle zálohové faktury (pokud je jiný než partner na hlavičce faktury).